学院现有农业工程系、机械工程系和机电工程系3个系，设有工学类实验教学中心和机电工程训练中心，设有农业机械化工程与装备、农业生物环境与能源、农产品加工技术与装备、农业装备测试与自动化、机械设计及理论等5个研究室；同时，还设有农业部华中地区农村能源技术培训中心，劳动部特有工种职业技能鉴定站，中国饲料工业协会华中农业大学培训中心等特色工作机构。